Prezbiterium było w większości zbudowane pod koniec XIII wieku; tylko w północnej ścianie można zobaczyć pozostałości pierwszego kościoła. W pobliżu katedry znajduje się tzw. Dom Biskupa, który był prawdopodobnie domem kierownika chóru katedralnego.
Zwycięstwo reformacji w Szkocji w 1560 r. oznaczało upadek katedry w Elgin, która nie była kościołem parafialnym i w związku z tym nie miała racji bytu w kalwinizmie. Zgodnie z zasadami nowego wyznania, katedrę ogołocono z wyposażenia i dzieł sztuki sakralnej; wybito też witraże. W latach 1567-1568 zerwano z dachu katedry ołowiane pokrycie, co spowodowało szybką degradację budowli. Mimo to, katedra była w XVII wieku sporadycznie miejscem nabożeństw protestanckich i katolickich. 4 grudnia 1637 r. zawalił się dach prezbiterium. W Niedzielę Wielkanocną 1711 r. centralna wieża zawaliła się i pociągnęła wraz ze sobą część ścian. W tym czasie teren wokół katedry przekształcono w cmentarz miejski.
Chociaż w 1689 r. oficjalnie katedra stała się własnością Korony, nie zrobiono jednak nic, aby ją ocalić.