Kilka lat później popadł w konflikt z królem w kwestii administracji własności publicznej. W związku z tym musiał uciekać do Niemiec w 1558. W Niemczech zaangażował się w spisek mający na celu zdetronizowanie Fryderyka II i osadzenie na tronie Krystyny Duńskiej, córki Christiana II. Kilka lat później, kiedy pojawiły się poważne problemy budżetowe Danii spowodowane zaangażowaniem w wojnę siedmioletnią, Fryderyk II przywrócił go do łask i zwrócił mu skonfiskowane wcześniej dobra i odebrane urzędyChristian III, Peder Oxe and the 1557 Meeting (Den danske historiske Forening).
Pozytywne skutki nominacji Oxego dały się odczuć niemal natychmiast – głównie dzięki jego reformom finansowym (podwyższeniu ceł sundzkich). Podczas rokowań pokojowych po zwycięskiej wojnie Oxe nie tylko znacząco zredukował dług narodowy, ale też zagospodarował wiele przekazywanych ziem koronnych. Zreformował też monetę, rozwinął handel i wprowadził liczne reformy rolne, zwłaszcza na swoich posiadłościach, które powiększał, aż pod koniec życia został najbogatszym posiadaczem ziemskim w kraju.