Kariera reprezentacyjna W styczniu 2013 Borja został powołany przez Carlosa Restrepo do reprezentacji Kolumbii U-20 na Mistrzostwa Ameryki Południowej U-20. Na argentyńskich boiskach rozegrał osiem z dziewięciu możliwych spotkań (lecz tylko trzy w wyjściowym składzie), zdobywając trzy gole w konfrontacji pierwszej rundy z Boliwią (6:0). Jego drużyna triumfowała natomiast w tych rozgrywkach, zostając młodzieżowym mistrzem kontynentu. Cztery miesiące później wziął udział w prestiżowym towarzyskim Turnieju w Tulonie, podczas którego wystąpił we wszystkich pięciu meczach (w jednym w pierwszej jedenastce) i strzelił po bramce w konfrontacjach fazy grupowej z Koreą Płd (1:0) oraz DRK (1:0). Wraz z ekipą dotarł wówczas do finału, ulegając w nim Brazylii (0:1). W czerwcu tego samego roku znalazł się w składzie na Mistrzostwa Świata U-20 w Turcji, gdzie jego pozycja nie uległa jednak zmianie – wciąż pozostając rezerwowym dla duetu napastników tworzonego przez Jhona Córdobę i Brayana Pereę, rozegrał dwa z czterech meczów (obydwa po wejściu z ławki). Kolumbijczycy odpadli natomiast z młodzieżowego mundialu w 1/8 finału, ulegając po serii rzutów karnych Korei Płd (1:1, 7:8 k).