Kontrowersja malabarska W 1860 do Mosulu przybyła z Indii delegacja katolików obrządku malabarskiego, którzy jeszcze wtedy pozbawieni byli własnej hierarchii kościelnej i pozostawali pod zwierzchnictwem łacińskich biskupów. Poprosili oni patriarchę o wyświęcenie dla nich biskupa. W przeszłości bowiem Malabarczycy uznawali zwierzchnictwo Kościoła Wschodu i patriarchatu Seleucji-Ktezyfonu, z którego wywodził się chaldejski patriarchat Babilonu. Pomimo sprzeciwu delegata apostolskiego w Mosulu, arcybiskupa Henriego Amantona, patriarcha wyświęcił Tomasza Rokosa na biskupa Basry i wysłał go do Indii. Konsekracja bez mandatu papieskiego i wysłanie biskupa do diecezji podległych łacińskim biskupom w Indiach doprowadziło do konfliktu z nuncjuszem i Stolicą Apostolską, co zmusiło patriarchę do udania się w 1861 do Rzymu, w celu wyjaśnienia kontrowersji. Nakazano mu odwołanie biskupa Rokosa i zachowanie posłuszeństwa papieżowi, który przyjął go na audiencji 14 sierpnia. Patriarcha przyznał się do błędu i powrócił 2 grudnia do Mosulu. Biskup Rokos, ekskomunikowany uprzednio przez wikariusza apostolskiego Werapoly powrócił do Bagdadu w czerwcu 1862.