Powstańcy maltańscy, w czasie trwania oblężenia, przeprowadzili kilka udanych ataków, w tym zdobycie wieży św. Tomasza i wieży św. Juliana. Powstańcy nie byli w stanie zdobyć większych fortyfikacji, takich jak fortyfikacje Valletty, Cottonera Lines, fort Manoel czy fort Tigné, lecz potrafili powstrzymać Francuzów od odbicia terenów na zewnątrz ich ufortyfikowanych pozycji. W czasie trwania oblężenia Maltańczycy zbudowali szereg obozów, baterii, redut i entrenchments, otaczających okupowane przez Francuzów tereny portu. Najważniejszymi fortyfikacjami powstańczymi były: baterie Corradino, bateria Għargħar, bateria Tal-Borg oraz bateria Tas-Samra.
W czasie największej liczebności, armia powstańcza liczyła około 10 000 mężczyzn, z których 2 505 było uzbrojonych.
Francuzi w końcu poddali się Brytyjczykom 4 września 1800 roku. 11 września maltańskie Bataliony zostały rozwiązane przez cywilnego komisarza Alexandra Balla.
Pomiędzy rokiem 1800 a 1801 wybite zostały złote i srebrne medale, upamiętniające blokadę;