W rozprawie The Economic Origins of Jeffersonian Democracy z 1915, złagodził wprawdzie niektóre sformułowania na ten temat, ale podtrzymał swoje główne tezy. Razem z żoną napisał monumentalną, dwutomową monografię The Rise of American Civilization, wydaną w 1927. Później została ona uzupełniona tomami America in Midpassage (1939) i The American Spirit (1942). W 1917 zrezygnował z katedry na Columbia University, w geście protestu przeciwko weryfikacji pracowników naukowych pod zarzutem nielojalności i działalności wywrotowej. W 1919 był jednym z założycieli New School for Social Research w Nowym Jorku. W latach 30. i 40. XX wieku skupił się na zagadnieniach polityki zagranicznej Stanów Zjednoczonych. Wielokrotnie krytykował administracje prezydenta Franklina Delano Roosevelta, obwiniając go o wplątanie kraju w II wojnę światową. Swoje poglądy wyraził w książkach American Foreign Policy in the Making, 1932–1940 (1946) i President Roosevelt and the Coming of War, 1941 (1948). Ze względu na nie był krytykowany jako izolacjonista.
W swojej pracy naukowej Charles Austin Beard podkreślał subiektywizm historyka i jego uwikłanie w epokę, w której wyrósł i pracuje.