Nazwę „bractwo literackie” wywodzono także od listu z błogosławieństwem Najświętszej Maryi Panny, który mieli otrzymać świeżo nawróceni przez apostoła Pawła mieszkańcy Messyny, co skłoniło ich do zawiązania pierwszego takiego bractwa pod nazwą Maria Litterarum.
Encyklopedia kościelna i Encyklopedia powszechna Orgelbranda wskazują na rok 1540 jako moment powstania Konfraterni Literackiej w Warszawie, protoplastki Archikonfraterni Literackiej. Strona poświęcona Archikonfraterni w portalu katedry św. Jana i Encyklopedia Warszawy podają datę wcześniejszą: rok 1507.
Konfraternia została założona przez kanoników regularnych przy kościele św. Jerzego w Warszawie. Od 1579 roku działała przy kościele Św. Ducha, a po jego zniszczeniu w czasie wojen ze Szwecją, od 1657 roku przy kolegiacie św. Jana (w 1798 podniesionej do rangi katedry).
Zmiana siedziby na kościół św. Jana nie była prostym procesem, bo już po dwóch latach w nim spędzonych bracia ponownie się przenieśli, tym razem do kościoła Jezuitów. Potem jednak w łonie bractwa nastąpiły niesnaski i jego część w 1667 roku wróciła do kościoła św. Jana. W sprawę wdał się magistrat miejski, który zdołał zażegnać spory i doprowadzić do definitywnego powrotu całego bractwa do kościoła św. Jana w 1669 roku.