Prefektury Ilirii i Italii, wraz z pozostałymi dwiema prefekturami, Prefekturą Galii (Praefectura praetorio Galiarum) i Prefekturą Orientu (Praefectura praetorio Orientis), tworzyły strukturę, która nawiązywała do idei organizacji Cesarstwa i systemu rządów w ramach tetrarchii wprowadzanej przez cesarza Dioklecjana od roku 286.
Zasięg terytorialny W ciągu IV wieku Prefektura Ilirii miała zmienny zasięg terytorialny, a przejściowo (361–374) została likwidowana. Reaktywowana przez cesarza Gracjana w latach 375–379 składała się z: Illyricum orientale – diecezje cywilne: Diecezja Dacji – Dioecesis Daciae Diecezja Macedonii – Dioecesis Macedoniae Illyricum occidentale – diecezje cywilne: Diecezja Panonii – Dioecesis Pannoniarum Po 379 r. Illyricum occidentale jako Diecezja Iliria Dioecesis Illyricum została włączona ponownie do prefektury Italii, zaś obie diecezje Illyricum orientale zostały bezpośrednio podporządkowane cesarzowi rezydującemu wówczas w Tesalonice. W latach 384–387 diecezje Illyricum orientale ponownie znalazły się w prefekturze Italii, 388–391 stanowiły osobną prefekturę, 392–395 ponownie podporządkowane ItaliiMorrison, Cécile, ed.