W 1935 roku została matką chrzestną największego na świecie statku pasażerskiego Normandie. Rok później udała się na jego pokładzie do Stanów Zjednoczonych, gdzie została przyjęta przez amerykańską parę prezydencką Eleanorę i Franklina Delano Rooseveltów. Towarzyszyła jej córka Marie i synowa Bernadetta Marin.
W roku 1939 Albert Lebrun został ponownie wybrany na prezydenta. W trakcie bitwy o Francję, 10 czerwca 1940 roku, para opuściła w pośpiechu Pałac Elizejski, by udać się najpierw do Tours, a później do Bordeaux. W wyniku głosowania władzę we Francji przejął wówczas marszałek Pétain. Tym samym stanowisko prezydenta Francji pozostało nieobsadzone, zaś Marguerite i Albert Lebrun wyjechali do Vizille, rezydencji zięcia, Jeana Freysselinarda.
Ostatnie lata życia Marguerite Lebrun zmarła z powodu choroby Parkinsona, 25 października 1947 roku w mieszkaniu znajdującym się na Boulevard de Beauséjour, w prestiżowej szesnastej dzielnicy Paryża. Jej mąż zmarł niespełna trzy lata później, w 1950 roku.