Obecny kościół Ponowna przebudowa kościoła miała miejsce w 1475 roku. W 1481 roku zbudowano kaplicę św. Jana Jałmużnika, w której złożono jego relikwie, przechowywane w świątyni od XIII wieku. Kult tego świętego był na tyle silny, że w 1616 roku powołano przy kościele konfraternię jego imienia. Kaplicę przebudowano w latach 40. XVIII wieku, przypuszczalnie pod nadzorem architekta Giorgia Massari. W trakcie rozległych zmian, jakie kościół przechodził pod koniec XV wieku, architekt Sebastiano Mariani zrealizował trzyczęściowe, dekoracyjne lektorium, oddzielające prezbiterium od nawy głównej. Rozebrano je pod koniec XVI wieku, zgodnie ze zmianami w liturgii, wprowadzonymi przez kontrreformację, mającymi na celu umożliwienie wiernym bardziej bezpośredniego, wizualnego kontaktu z ołtarzem. Dwa filary na planie kwadratu, które pierwotnie stanowiły część lektorium, pozostawiono na miejscu – na początku kolumnady nawy głównej. Natomiast panele dekoracyjne z rozebranej przegrody umieszczono wzdłuż ścian apsydy. Panele i pilastry zdobią klasycyzujące płaskorzeźby z pozłacanymi motywach zwierzęcymi i roślinnymi. Dziełem Marianiego były również dwie kropielnice, z których jedna zachowała się do dziś, w pobliżu drzwi wejściowych, po prawej stronie nawy głównej.