Kasaty kościołów i klasztorów, wprowadzone dekretami napoleońskiego Królestwa Włoch w latach 1807–1810, doprowadziły do wytyczenia na nowo granic weneckich parafii oraz do zmniejszenia ich liczby z ponad 70 do 30. Kościół San Giovanni Battista in Bragora zachował status kościoła parafialnego, natomiast w skład jego parafii włączono w międzyczasie kościół Sant’Antonin, nadając mu status kościoła filialnego. Od 1807 roku na czele parafii stoi proboszcz mianowany przez patriarchę.
Związek kościoła z Vivaldim 4 marca 1678 w domu przy położonej w pobliżu kościoła ulicy Calle del Dose urodził się Antonio Vivaldi, który dwa miesiące później, 6 maja został ochrzczony w tutejszym kościele. W rzeczywistości był to jego drugi chrzest, ponieważ po raz pierwszy został on pospiesznie ochrzczony w domu, gdyż uważano, że był zbyt chorowity, by przeżyć. Chrzcielnica, w której został ochrzczony oraz wpis w rejestrze urodzeń zachowały się do dziś.