Dnia 8 września razem ze 150 ochotnikami z garnizonu Włocławek dołączył do pułku, który znajdował się wówczas na postoju ubezpieczonym w rejonie gajówki Józefów i jeziora Łuba. W tym też dniu, na mocy rozkazu dziennego, został mianowany kwatermistrzem pułku.
Brał udział w walkach toczonych przez 14 pułk piechoty podczas bitwy nad Bzurą, największej bitwy kampanii wrześniowej. Poległ 17 września pod Przęsławicami. Jego zwłoki znalazł po południu dnia następnego chorąży 14 pp Stanisław Kopf i pochował je nieopodal przydrożnego krzyżaZwłoki kpt. Fleischmanna zostały znalezione już po przejściu przez chor. Kopfa Bzury, około 800 metrów przed wsią Przęsławice..
Następnie ciało kapitana przeniesiono i pochowano w wydzielonej kwaterze wojennej żołnierzy Wojska Polskiego na cmentarzu Parafii Rzymskokatolickiej pw. św. Matki Bożej Królowej Polski w Iłowie. Symboliczny nagrobek kapitana Jana Fleischmanna znajduje się na Cmentarzu Komunalnym we Włocławku (sektor 34-4-56).
W dniu 1 lipca 1945 r. Naczelny Wódz Polskich Sił Zbrojnych, gen. dyw. Tadeusz Bór-Komorowski, zatwierdził pośmiertny awans kpt. Fleischmanna do stopnia majora służby stałej piechoty z dniem 1 stycznia 1946 rokuRzeczpospolita Podchorążacka Nr 14 z listopada 1977 (biuletyn Koła Szkoły Podchorążych Piechoty w Londynie), s. 38..