Zastosowanie fali ciągłej ma wiele zalet. Jest to technika prosta, tania i najbardziej powszechna.
Niestety technika ta ma również wady. Jedną z nich może być fakt, że wykorzystanie fali ciągłej uniemożliwia w pełni określić właściwości optycznych analizowanej tkanki. W wyniku tego nie możemy oznaczyć absolutnej absorpcji natlenowanej (O2Hb – OKSYHEMOGLOBINA) i odtlenowanej hemoglobiny (HHb – DEOKSYHEMOGLOBINA). Pomiar jest wrażliwy tylko na względną zmianę stężenia oksyhemoglobiny.
Analiza częstotliwości (Frequency Domain) Kolejną techniką jest analiza częstotliwości (Frequency Domain – FD). Jest to najbardziej złożona technika, ale dostarcza również najwięcej informacji.
Technika ta emituje bardzo krótki impuls światła do tkanki. Natężenie światła emitowanego jest modulowane. FD-NIRS umożliwia nam pomiar bezwzględnych właściwości optycznych tkanki, takich jak absorpcja i zmniejszony współczynnik rozpraszania.