W sezonie 2012/13 Federico otrzymał koszulkę z numerem 24, a debiut w nowym zespole nastąpił 6 sierpnia 2012 roku w przegranym 2-1 meczu przeciwko Estudiantes de la plata.
Transfer do FC København Sezon 2015/16 14 czerwca 2015 roku, Santander podpisał pięcioletni kontrakt z drużyną duńskiej Superligi FC København. W lidze zadebiutował 2 sierpnia 2015 roku przeciwko SønderjyskE Fodbold notując dwie asysty przy bramkach Thomasa Delaneya i Williama Кvista. Trzy dni później zdobył swoją pierwszą bramkę w przegranym 2-3 meczu z FC Jablonec w ramach III rundy kwalifikacji Ligi Europy UEFA. 16 maja 2016 roku, strzelił dwie bramki w meczu ligowym przeciwko FC Nordsjaelland, po którym jego zespół zapewnił sobie mistrzostwo kraju. W swoim pierwszym sezonie w Kopenhadze został sklasyfikowany na trzecim miejscu klasyfikacji strzelców z 14 golami na koncie i 4 asystami.
Sezon 2016/17 24 sierpnia 2016 roku, bramka Santandera dała jego drużynie zwycięstwo w dwumeczu przeciwko cypryjskiemu APOEL-owi, dzięki czemu FC København zakwalifikowała się do fazy grupowej Ligi Mistrzów UEFA.
Kariera reprezentacyjna 28 września 2009 roku, podczas Mistrzostw Świata U-20 w Egipcie, Santander strzelił pierwszą bramkę dla reprezentacji Paragwaju U-20 w meczu przeciwko drużynie Egiptu.