W przededniu wojny w obu partiach ścierały się frakcje. Wśród liberałów podział przebiegał na zwolenników pokojowego działania (na czele frakcji stał Aquileo Parra Gómez) i kierowanych przez Rafaela Uribe Uribe zwolenników rozwiązań siłowych . Konserwatyści podzielili się na nacionalistas i conservadores históricas, którzy oczekiwali powrotu do demokratycznych praktyk. Uzyskali oni poparcie José Manuela Marroquína oraz prezydenta Manuela Antonio Sanclemente, co zaowocowało zniesieniem części autorytarnych rozwiązań prawnych. Moment ten za odpowiedni do podjęcia walki z wycofującym się rządem uznali revolucionarios.
Skutki Wojna rozpoczęła się 17 października 1899 roku. Konflikt był wyjątkowo krwawy, obie strony do walki wykorzystywały dzieci. Przyjmuje się, że zginęło około 120 tysięcy ludzi, jednak niektóre szacunki podnoszą tę liczbę do nawet 180 tysięcy. Tysiące obywateli zostało rannych, znacznie ucierpiała również gospodarka Kolumbii. Kolumbia liczyła wówczas ok. 4 miliony ludności.
Pokój podpisano 21 listopada 1902 roku na pokładzie amerykańskiego pancernika USS „Wisconsin”. Ze strony liberałów dokument sygnował Benjamin Herrera, zaś konserwatystów reprezentował Nicolás Perdomo.