Jako ten, który nie potrafił utrzymać wspólnej linii działania obydwu stanów, zaczął odtąd tracić na znaczeniu, stając się przywódcą zaledwie grupy chełmińskiego rycerstwa realizującej bez perspektyw ogólnokrajowych własne interesy materialne. W latach 1444–1447 Cegenberg zaprzestał działalności w Związku Pruskim. Do aktywności publicznej wrócił w 1448, atakując miasta za ograniczanie przez nie swobody wywozu zboża przez Holendrów.
Aczkolwiek od 1451 Cegenberg występował formalnie jako naczelnik Związku, jego rola nie miała już charakteru rzeczywistego przywództwa, które w owym czasie przeszło w ręce braci Bażyńskich oraz przedstawicieli wielkich miast. Wobec zbliżającej się groźby zbrojnego rozstrzygnięcia konfliktu stanów pruskich z Zakonem, zaczął czynić pojednawcze gesty wobec władz krzyżackich, informując nawet poufnie wielkiego mistrza Ludwiga von Erlichshausen o poczynaniach konfederacji. U schyłku 1453 uczestniczył jeszcze w obradach Tajnej Rady w Toruniu, jednakże – wskutek utraty zaufania – do narad w sprawie rokowań z Polską nie był już dopuszczany. Wybuch zbrojnego powstania przypieczętował jego polityczny upadek – nie brał udziału w poselstwach, działaniach wojennych ani nie otrzymał od króla urzędów i nadań.