W okresie napoleońskiej okupacji Prus i Berlina, po zawarciu traktatu francusko-pruskiego w 1807 roku, von Gerlach został komisarzem Kurmarchii. Po klęsce Prus, struktury państwa załamały się i wymagały sanacji. Von Gerlach jednak nie popierał reform administracyjnych von Steina (1757–1831) i nie został wzięty pod uwagę jako kandydat na stanowisko nadprezydenta, tworzonego w miejsce urzędu komisarza. W proteście von Gerlach złożył swoją dymisję królowi w 1809 roku, który przyjął ją niechętnie. W uznaniu dotychczasowych zasług von Gerlachowi przyznano Order Orła Czerwonego 1. klasy.
Po dymisji, von Gerlach nie wycofał się z życia politycznego i skupił się na polityce lokalnej Berlina. W maju 1809 roku został jednogłośnie wybrany pierwszym nadburmistrzem Berlina po wprowadzeniu nowego prawa miejskiego (niem. Städteordnung) w 1808 roku. Urząd objął w czerwcu, a jego głównym zadaniem była poprawa warunków bytowych ludności oraz sanacja finansów miasta, które uległy zapaści wskutek okupacji francuskiej. Uzyskał odroczenie zapłaty odsetek od ogromnego długu miasta, zgodę na przekierowanie wpływów z podatku akcyzowego na potrzeby miasta oraz na subwencje z budżetu państwowego.