Wrzesień 1939 Po wybuchu II wojny światowej (kampania wrześniowa) kpt. Jerzy Dreyza był lekarzem dywizjonu artylerii w 7 pułku artylerii ciężkiej (zob. działania 7 pac w kampanii wrześniowej). DywizjonDowódcy Dywizjonu:płk Tadeusz Bodnar – poległ, mjr inż. Jerzy Bolechowski – p.o., mjr Wojciech Wilkoński – od 13 września. uczestniczył w bitwie nad Bzurą w składzie grupy operacyjnej, którą dowodził gen. bryg. Edmund Knoll-Kownacki.
W czasie przeprawy przez Bzurę Jerzy Dreyza został ranny i dostał się do niewoli niemieckiej.
Okupowana Warszawa i Powstanie Warszawskie Po kapitulacji Warszawy kierował szpitalem polowym dla rannych jeńców polskich w Laskach k. Warszawy. Na przełomie 1939 i 1940 roku (listopad–kwiecień) pełnił funkcję oficera łącznikowego Szefostwa Polskich Szpitali Wojennych. W latach 1941–1944 był: thumb|Przedwojenny gmach Resursy Kupieckiej przy ul. Senatorskiej naczelnym lekarzem Szpitala Maltańskiego szefem sanitarnego Luftschutz Hilfdienst (organizacja biernej obrony przeciwlotniczej) W Szpitalu Maltańskim udzielał pomocy żołnierzom ZWZ-AK, rannym w akcjach zbrojnych. Ukrywał Żydów i inne osoby zagrożone aresztowaniem. „Malta” była też przygotowana do służby medycznej w czasie powstania.