Około 1500/1502 prowadził swój warsztat w Ołomuńcu na Morawach. W drukarni ołomuńskiej wytłoczył Baumgarten co najmniej 8 dzieł i powiększył swój materiał typograficzny czcionkami z Oficyny Macieja Preinleina. thumb|left|270px|Sygnatura Konrada Baumgartena
Okres wrocławski W lutym Baumgarten wyjechał do Wrocławia, licząc na profity związane z otwieranym Uniwersytetem Wrocławskim. 10 lutego 1503 roku został honorowym obywatelem miasta Wrocławia. W kolejnych 3 latach wydał 10 dzieł, przeważnie humanistów wrocławskich, m.in. poety Wawrzyńca Korwina. Jego druki przeznaczone były głównie dla szkół: m.in. podręcznik wytwornej łaciny Hortulus elegantiarum czy Latinum ydeoma, zbiór rozmówek łacińskich dla młodszych uczniów – obie prace autorstwa Korwina. Największą pracą Baumgartena była wydana w języku niemieckim, bogato ilustrowana drzeworytami Legenda o św. Jadwidze (1504). Wartość typograficzną i artystyczną książki podnosiły liczne drzeworyty przedstawiające sceny z życia świętej oraz ilustrujące wiele elementów kultury materialnej i folkloru śląskiego.
Prace z jego warsztatu w tym okresie druków gdańskich, ołomunieckich i wrocławskich opatrzone były charakterystycznym podwójnym krzyżem.