Po zwolnieniu w grudniu został najęty w Instytucie Wschodnim Oddziału Lwowskiego do sporządzania odpisów ze źródeł historycznych znajdujących się w bibliotekach Lwowskich. 1 maja 1942 r. został zatrudniony jaki pracownik Zakładu Narodowego im. Ossolińskich przechodząc przez różne działy. Pracował tam do 15 października 1945 r. Uczestniczył również w tajnym nauczaniu oraz pracował nad redakcją podręczników literatury polskiej dla szkół radzieckich.
Do Wrocławia trafił w styczniu 1946 roku, gdzie otrzymał pracę w Bibliotece Uniwersytetu Wrocławskiego. Poza pracą na Uniwersytecie Wrocławskim, uczył, podobnie jak we Lwowie, historii nauk o Polsce współczesnej w Liceum Plastycznym oraz prowadził wykłady w Państwowej Wyższej Szkole Nauk Plastycznych. W październiku 1949 roku otrzymał stopień naukowy doktora habilitowanego na podstawie rozprawy „Wyprawa Tatarów na Węgry przez Polskę w 1594 r.”. Ministerstwo Szkolnictwa Wyższego zatrudniło go na stanowisko samodzielnego pracownika w Bibliotece Uniwersytetu Wrocławskiego, gdzie w latach późniejszych został kierownikiem Działu Zbiorów Specjalnych. Kocowski współdziałał ponadto w opracowywaniu rękopisów, organizacji wystaw, stanowiących wydarzenia kulturalne na terenie Wrocławia, należał do grona autorów publikujących regularnie na łamach czasopisma „Sobótka”.