W 1939 roku Andrzej Grodek zgłosił się do Robotniczych Batalionów Obrony Warszawy. Po kapitulacji Warszawy i aresztowaniu dyrektora biblioteki Konstantego Krzeczkowskiego przejął odpowiedzialność za bibliotekę. Okupant zlikwidował SGH, a w jej miejsce powstała Miejska Szkoła Handlowa, która nie miała formalnie żadnego prawa do biblioteki. Dzięki staraniom Andrzeja Grodka i dyrektora Biblioteki Narodowej Józefa Grycza zbiory nie zostały zabrane z siedziby uczelni przy ul. Rakowieckiej. Biblioteka została potraktowana jako zbiór zabezpieczony pod zarządem II Oddziału Staatsbibliothek Warschau, a Andrzej Grodek został kierownikiem zbiorów i – wbrew wprowadzonemu przez hitlerowców zakazowi udostępniania książek – robił to wypożyczając potajemnie książki. Gmach biblioteki stał się również miejscem spotkań i dyskusji naukowców i polityków.