Faza grupowa Losowanie fazy grupowej odbyło się w dniu 12 stycznia 2017 r. w Libreville. 45 drużyn z koszyków 1-4 i trzech zwycięzców pierwszej rundy zagra w tym etapie. 48 zespołów zostało podzielonych na dwanaście grup, po cztery reprezentacje w każdej. Każda grupa będzie rozgrywać mecze systemem mecz i rewanż oraz każdy z każdym. Zwycięzcy każdej grupy, a także drużyny z drugich miejsc kwalifikują się do finałów. Wyjątek stanowi grupa J w której awans uzyskała jedynie najwyżej sklasyfikowana drużyna (oprócz Egiptu, który miał zapewniony awans jako gospodarz).
Legenda:
Msc. – miejsce, M – liczba rozegranych meczów, W – mecze wygrane, R – mecze zremisowane, P – mecze przegrane, Br+ – bramki zdobyte, Br− – bramki stracone, Pkt. – punkty (3 za zwycięstwo, 1 za remis, 0 za porażkę)
W przypadku gdy dwie lub więcej drużyn uzyskają tę samą liczbę punktów, o awansie decydują kolejno kryteria określone przez CAFPunkty 14.1 i 14.2 (rozdział VII) przepisów turnieju: :
Gdy dokładnie dwie drużyny mają tyle samo punktów, o awansie decyduje: