Komisja Unii Afrykańskiej – organ wykonawczy i administracyjny Unii Afrykańskiej, pełniący funkcję jej sekretariatu. Na jej czele stoi przewodniczący, którym od 13 marca 2025 jest Mahamoud Ali Youssouf. Siedziba mieści się w Addis Abebie.
Wybór i skład Komisja Unii Afrykańskiej została powołana na mocy artykułu 5. Aktu Założycielskiego Unii Afrykańskiej. Jest sukcesorką Sekretariatu Generalnego Organizacji Jedności Afrykańskiej. Komisja składa się z przewodniczącego, wiceprzewodniczącego oraz ośmiu komisarzy. Są oni wybierani przez Radę Wykonawczą i mianowani przez Zgromadzenie Unii Afrykańskiej na czteroletnie kadencje, które mogą być raz odnowione.
W skład Komisji wchodzą komisarze: ds. pokoju i bezpieczeństwa; ds. politycznych; ds. infrastruktury i energii; ds. handlu i przemysłu; ds. gospodarki wiejskiej i rolnictwa; ds. zasobów ludzkich, nauki i technologii; ds. gospodarczych. Region z którego pochodzi przewodniczący i wiceprzewodniczący Komisji jest uprawniony do posiadania jednego komisarz, podczas gdy pozostałe regiony są uprawnione do posiadania dwóch komisarzy. Przynajmniej jednym z komisarzy z każdego regionu powinna być kobieta.