Dzieła historyczne Z uwagi na wykorzystanie dzieł Flakkus i Poselstwo w dyskusji na dworze Klaudiusza, oba dzieła zaliczają się do najwartościowszych źródeł historycznych z 1. poł. I w. po Chr. – epoki panowania Tyberiusza, Kaliguli i Klaudiusza, z której zachowało się stosunkowo niewiele pierwszorzędnych dokumentów papirusowych i literackichFilon z Aleksandrii, Flakkus, Pierwszy pogrom Żydów w Aleksandrii, WAM, Kraków 2012, s. 77, 78.. Contra Flaccum (Przeciw Flakkusowi) Legatio ad Gaium (Poselstwo do Gajusza) De virtutibus (O cnotach).
Dzieła apologetyczne De vita Moisis (O życiu Mojżesza), De vita contemplativa (O życiu kontemplacyjnym).
Egzegetyczne i teologiczne De Abrahamo De Aeternitate Mundi De Agricultura De Cherubim De Confusione Linguarum De Congressu Eruditiones Gratia De Decalogo De Ebrietate De Escrecationibus De Fuga et Inventione De Gigantibus De Josepho De migratione Abrahami (Sources chrétiennes 47, wyd. J.