W 1890 przed soborem odsłonięto dziesięciometrowy pomnik cara Aleksandra II, który znajdował się w tym miejscu do 1920. W tym samym roku władze bolszewickie skonfiskowały ze świątyni szereg cennych ikon i utensyliów liturgicznych, część wyposażenia obiektu zabrali ze sobą również wyjeżdżający z Rosji biali emigranci. W 1921 władze aresztowały protojereja Wierchowskiego, proboszcza parafii soborowej. Rok później wyposażenie soboru podległo akcji konfiskaty cennych przedmiotów należących do Cerkwi, jednak parafianie świątyni przerwali ją i pobili przeprowadzających konfiskatę. Władze radzieckie aresztowały wówczas siedmiu duchownych, czterech członków rady parafialnej, biskupa rostowskiego Arseniusza oraz 25 świeckich, których postawiono następnie przed trybunałem rewolucyjnym. W 1929 Iwan Wołkow i I. Podorożna wykonali nowe freski w świątyni.