Rządy jordańskie i egipskie były okresem stagnacji ruchu islamskiego. thumb|Flaga Bractwa Muzułmańskiego Pozytywnie na działalność Bractwa wpłynęła wojna sześciodniowa z 1967 roku. W wyniku wojny Izrael zdobył kontrolę nad Strefą Gazy i Zachodnim Brzegiem. Bractwo pod okupacją izraelską rozwinęło działalność charytatywną, edukacyjną, społeczną i kulturową. Działalność ruchu prowadzona była poprzez meczety i organizacje działające przy świątyniach. Organizacje te przez długi czas nie były powiązane z działalnością antyizraelską, ani nie stosowały przemocy, stąd też były finansowane przez Izraelczyków jako przeciwwaga dla świeckich nacjonalistów. W 1978 roku zostało zarejestrowane stowarzyszenie Centrum Islamskie. Organizacja była jedynym arabskim ruchem, na którego działalność oficjalnie zezwoliła administracja izraelska na Terytoriach Okupowanych. W tym okresie islamiści byli więc często uważani za zdrajców. Założycielem organizacji był szajch Ahmad Jasin. Centrum Islamskie działając pod przykrywką stowarzyszenia społecznego przekształcało się stopniowo w ruch zbrojny. Grupa otrzymywała pokaźne wsparcie finansowe z zakatu oraz darowizn od sponsorów z bogatych państw Zatoki Perskiej.