Między innymi terrorystyczna działalność Hamasu przyczyniła się do wstrzymania izraelsko-palestyńskiego procesu pokojowego.
W 2000 roku członkowie grupy włączyli się do intifady Al-Aksa. W trakcie powstania jego aktywiści weszli do sojuszu Palestyńskie Siły Narodowe i Islamskie. W trakcie intifady islamiści po raz kolejny zastosowali taktykę opartą na terroryzmie. Członkowie Hamasu wykazali się samobójczymi zamachami oraz ostrzałem terenów Izraela za pomocą pocisków rakietowych Kassam.
Od 2000 roku członkowie Hamasu (indywidualnie) przynależą do Ludowych Komitetów Oporu i Brygad Salah al-Din.
22 marca 2004 w ataku rakietowym śmigłowców izraelskich w Gazie zginął Ahmad Jasin. Jego następcą na stanowisku lidera Hamasu został Abd al-Aziz ar-Rantisi, który zginął w izraelskim ostrzale już miesiąc po objęciu przywództwa. Na jego miejsce wybrany został Chalid Maszal
W wyborach parlamentarnych w styczniu 2006 roku Hamas otrzymał 76 mandatów (spośród 132), tym samym odebrał al-Fatahowi większość parlamentarną. W marcu 2006 roku Isma’il Hanijja z Hamasu został desygnowany na premiera Autonomii. Rząd kierowany przez Hamas szybko popadł w konflikt z prezydentem Mahmudem Abbasem.