W 1954 roku przyjął święcenia kapłańskie w Bambergu i rozpoczął pracę duszpasterską. W tym czasie napisał dwie monografie oraz liczne artykuły do wydawanego przez Rahnera Leksykonu Teologii i Kościoła. Tytuł doktora teologii uzyskał w 1961 na podstawie pracy „Christliche Anthropozentrik” o św. Tomaszu z AkwinuJohann Baptist Metz: Christliche Anthropozentrik. Über die Denkform des Thomas von Aquin, München 1962.. Następnie rozpoczął habilitację pod kierownictwem Karla Rahnera w Monachium. Jeszcze przed jej ukończeniem został powołany na Katedrę Teologii Fundamentalnej na Wydziale Teologii Katolickiej Westfalskiego Uniwersytetu Wilhelma w Münster, której przewodził do 1993 roku. Od 1968 do 1973 roku był konsultantem Papieskiego Sekretariatu ds. Niewierzących, a od 1971 do 1975 doradcą Synodu w Würzburgu i jednym z głównych autorów dokumentu synodalnego Nasza nadzieja.
Teologia Metza można uznać obok Jürgena Moltmanna za założyciela tzw. „Nowej” Teologii Politycznej – w przeciwieństwie do „Starej” Teologii Politycznej Carla Schmitta. Kierunek ten może być uznawany za europejski odpowiednik teologii wyzwolenia w Ameryce Łacińskiej.