Następnie przez Łódź udał się do Koluszek i dalej patrolował linię Skierniewice-Warszawa-Mińsk Mazowiecki. Rozkazem z 13 września 1939 roku za bitwę pod Mokrą „Śmiały” i jego dowódca otrzymali Krzyże Orderu Virtuti Militari V klasy. 14 września pociąg „Śmiały” osiągnął Brześć nad Bugiem, gdzie brał udział w odparciu czołgów nieprzyjaciela, a w dniach 16–18 września przez Łuck–Sienkiewiczówkę–Stojanów przejechał w rejon Lwowa.

Po kapitulacji obrońców miasta wobec wojsk sowieckich (22 IX) dowódca zwolnił załogę, a sam przedarł się przez Słowację do Francji, a dalej do Anglii, służąc później w 1 Dywizji Pancernej gen. Maczka. W stopniu majora był zastępcą dowódcy 1 pułku pancernego. Zginął 9 sierpnia 1944 roku w czasie walk o wzgórze 140. Został pochowany na polskim cmentarzu wojennym w Grainville-Langannerie w Normandii.

Żoną Mieczysława Malinowskiego była Anna, córka Wacława Szuniewicza i Marii z Lisowskich. Pobrali się 1 czerwca 1937 roku w Radziwiłłowie na Wołyniu, gdzie ojciec Anny prowadził praktykę komorniczą. Jedynym dzieckiem Anny i Mieczysława była Barbara Halina po mężu Mędrzycka (1938–2008).

Odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Virtuti Militari (1939) Krzyż Walecznych – pośmiertnie