Po odbyciu kolejnych sześciu patroli – m.in. mających na celu przeciwdziałanie alianckiemu desantowi w Afryce Północnej (operacja Torch), pod koniec 1942 roku Guggenberger zdał dowództwo okrętu i powrócił do Niemiec. Na Morzu Śródziemnym Guggenberger zatopił 9 jednostek handlowych (część z nich to były jednak niewielkie żaglowce) o łącznej pojemności około 17000 BRT, lotniskowiec i francuski trawler ZOP („Vikings” (P 41), 1150 t). 8 stycznia 1943 roku Adolf Hitler osobiście odznaczył go Krzyżem Rycerskim z Liśćmi Dębu. Na krótki czas został mianowany dowódcą wprowadzanego do służby U-847 – „podwodnego krążownika” typu IXD2, ale ostatecznie dowództwo objął inny as U-Bootów Kptlt. Jost Metzler. Guggenberger przez kolejne miesiące pełnił służbę oficera sztabowego u boku Karla Dönitza. Wraz z innymi (Peter-Erich Cremer, Herbert Kuppisch) uznawany był za „prawą rękę” Grossadmirala i doradzał, jak zwiększyć skuteczność działań podwodnych. W międzyczasie, 21 marca 1943 roku ożenił się z Brigitte Jenish z domu Steffan.