W 1908 albo w 1909 został członkiem powołanego rok wcześniej Towarzystwa „Pomoc dla sierot”, które miało objąć opieką osierocone i najbiedniejsze dzieci wyznania mojżeszowego.
Po wybuchu I wojny światowej został powołany do armii rosyjskiej. Od 15 sierpnia 1914 do 1 lipca 1917 był młodszym ordynatorem szpitala 4 Dywizji Piechoty. Ten okres został mu zaliczony jako „służba frontowa przy dowództwach w polu”. Urlopowany z wojska po chorobie, w 1917 był lekarzem w przytułkach dla dzieci pod Kijowem. Miał również kontakt z domem wychowawczym dla chłopców polskich w Kijowie, który prowadziła Maryna Rogowska-Falska (którą poznał w 1915 podczas urlopu). W połowie 1918 Korczak wrócił do Warszawy, do Domu Sierot. Służbę w wojsku rosyjskim zakończył w stopniu kapitana.
W latach 1919–1920 w Wojsku Polskim, czasie wojny polsko-bolszewickiej, pełnił kolejno służbę w Pierwszym Szpitalu Zapasowym Wojsk Polskich w Łodzi na stanowisku ordynatora (od 22 lipca 1919), Szpitalu Ujazdowskim (grudzień 1919) i Szpitalu Epidemicznym na Kamionku w Warszawie na stanowisku ordynatora (od 1 stycznia 1920).