11 marca 2014 do Komisji wpłynęła również skarga (symbol sprawy SA.38454) dotycząca finansowania projektu. 23 listopada 2015 Komisja zdecydowała o wszczęciu postępowania w tej sprawie. Do marca 2017 Komisja Europejska nadal badała sprawę na zgodność z przepisami unijnymi o udzielaniu pomocy publicznej. 6 marca komisarz Margrethe Vestager ogłosiła, że Komisja Europejska zezwoliła na realizację przedsięwzięcia, gdyż projekt owszem, korzysta z pomocy publicznej, ale zgodnie z zasadami unijnymi i będzie miał ograniczony wpływ na konkurencyjność. Aby uniknąć nadmiernej koncentracji, Paks II ma być funkcjonalnie i prawnie oddzielona od operatora elektrowni Paks. Elektrownia Paks II będzie musiała sprzedawać co najmniej 30% generowanej energii poprzez otwartą giełdę energetyczną. Pozostała część energii ma być sprzedawana poprzez aukcje.
Decyzji o rozbudowie elektrowni towarzyszyły protesty niektórych organizacji, jak Greenpeace Hungary i EnergiaKlub, ale też rządu Austrii.
Budową Paks II zajmuje się oddzielna państwowa spółka MVM Paks II.