Maszyna wyposażona była w mocniejszy silnik Armstrong Siddeley Sapphire ASSa.7 o ciągu 4990 kG, aczkolwiek nie była jeszcze w pełnej, przewidywanej konfiguracji seryjnej, miała skrzydła o konstrukcji przekładkowej zamiast półskorupowej (te pojawiły się dopiero na piątym prototypie). J-3003 wziął udział w próbach startu z nawierzchni gruntowych i badaniach zjawiska buffetingu. Po wyeliminowaniu wad poprzedniego egzemplarza, wyniki prób zostały opisane bardzo entuzjastycznie. Ich efektem było przyjęcie uchwały przez szwajcarski parlament 19 marca 1958 roku zamawiającej sto egzemplarzy samolotu P-16.
Zakończenie programu 25 marca 1958 roku, sześć dni po decyzji parlamentu, J-3003 rozbił się w Jeziorze Bodeńskim. Przyczyną katastrofy był duży wyciek płyny hydraulicznego z systemu sterowania. Pilot, Jean Brunner zdołał się bezpiecznie katapultować. Efektem przeprowadzonego po katastrofie śledztwa było stwierdzenie, iż jedna z pomp systemu hydraulicznego zawierała wadę materiałową. Zażądano przebudowy systemu hydraulicznego sterowania samolotem, co według producenta miało zająć od 6 do 12 miesięcy. Niespodziewanie, 2 czerwca tego samego roku, rząd podjął decyzję o rezygnacji z produkcji P-16, i to pomimo rekomendacji KMF o dalszej kontynuacji programu.