Chociaż epoka ta zakończyła się w XIII wieku wraz z najazdami mongolskimi (Bitwa pod Bagdadem), madrasa przetrwała i przystosowała się do nowych czasów, kontynuując szerzenie edukacji wśród społeczeństwa.
Mustansirija wykwalifikowała wielu nauczycieli i pracowników, którzy otrzymali wyższe wykształcenie, oraz umożliwiła dostęp do wielu dzieł naukowych licznym doktorantom, zwolennikom, osobom zainteresowanym rozwojem dziedzictwa naukowego lub pragnącym osiągnąć sukces zawodowy.
Uniwersytet dzisiaj (od 1968) Uniwersytet Al-Mustansirija kontynuuje swoją aktywność, w ramach uczelni, studiuje 51104 studentów i pracuje 3485 nauczycieli.
Kampus Kompleks składa się z budynku prezydium, budynków administracyjnych, naukowych i biurowych, także stadionów, boisk do piłki nożnej, siatkówki, koszykówki, tenisa i innych gier, sal do sympozjów i konferencji, również kampus obejmuje wydziały: artystyczne, edukacyjne i naukowe.
Wydziały Obecnie w obrębie uczelni funkcjonują 13 wydziałów: Wydział Medycyny Wydział Stomatologii Wydział Farmacji Wydział Inżynierii Wydział Nauk Ścisłych Wydział Prawa Wydział Sztuki Wydział Pedagogiki Wydział Zarządzania i Ekonomii Wydział Nauk Politycznych Wydział Edukacji Podstawowej Wydział Wychowania Fizycznego i Nauk o Sporcie Wydział Turystyki