Lata powojenne Na początku roku 1945 Aleksander Pruszczyński wrócił na stanowisko starszego asystenta w Zakładzie Anatomii Patologicznej UW. W lipcu tegoż roku uzyskał habilitację na podstawie rozpoczętej przed wojną pracy nt. „Wpływ tarczycy na ogólny stan ustroju, na stan morfologiczny krwi, na narządy wewnętrznego wydzielania i narządy krwiotwórcze”. Od stycznia następnego roku był adiunktem Zakładu, a w lipcu został mianowany profesorem nadzwyczajnym i kierownikiem Katedry Anatomii Patologicznej, tworzonej w nowej uczelni łódzkiej.
Zaangażował się w tworzenie Uniwersytetu Łódzkiego. W roku 1951 tak wspominał ówczesną sytuację:
Pierwszą siedzibą I Katedry i Zakładu Anatomii Patologicznej Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Łódzkiego, kierowanej przez A. Pruszczyńskiego, był budynek prosektorium Szpitala im. Norberta Barlickiego. W skład zespołu pracowników wchodzili wówczas: Witold Niepołomski oraz lekarze Józef Szamborski i Andrzej Piotrowski. W prowadzeniu zajęć dydaktycznych pomagali studenci starszych lat studiów (wśród nich kilkunastu późniejszych profesorów). Ze względu na brak własnych sal i sprzętu ćwiczenia z histopatologii odbywały się w Katedrze i Zakładzie Histologii i Embriologii przy ul.