Kaplica była popularnie nazywana ta' Nibbia, po rycerzu, który ją zbudował, lecz również taz-zuntier (maltańskie słowo, dawniej znaczące "cmentarz").
Oryginalna kaplica została rozebrana w roku 1730, i odbudowana w 1731 według projektu przypisywanego barokowemu architektowi Romano Carapecchia. W roku 1776 cmentarz Sacra Infermeria został zlikwidowany, a pozostałości pochówków przeniesione do ossuarium pod kaplicą.
thumb|Pozostałości kaplicy Nibbia
W roku 1852 kapelan szpitala ks. Sacco postanowił udekorować kryptę kaplicy ludzkimi szczątkami z cmentarza. Od tego czasu zaczęła być znana jako Kaplica Kości, i od wczesnego XX wieku była atrakcją dla Maltańczyków oraz turystów. Wydano nawet kilka pocztówek przedstawiających jej wnętrze.. Z biegiem lat lokalna tradycja mówiła, że kości pod kaplicą nie należą do pacjentów Sacra Infermeria, lecz do walczących, którzy zginęli podczas Wielkiego Oblężenia Malty w roku 1565.
Św. George Preca prowadził w kaplicy konferencje na temat eschatologii chrześcijańskiej. Liczni pielgrzymi odwiedzali to miejsce, zwłaszcza w listopadzie.
thumb|left|Evans Building, na którego terenie znajdują się pozostałości kaplicy