W 1772 roku konwent liczył 6 zakonników w tym 4 kapłanów. W 1808 roku przy klasztorze założono szkołę parafialną (w następnym roku miała 8 uczniów). Po stłumieniu powstania styczniowego władze carskie 2 grudnia 1864 roku skasowały klasztor, a zakonników wywieziono do Mińska i Kretyngi. Do 1865 r. przy kościele pracowało 2 kapłanów, a parafia liczyła około 2000 wiernych. Przynależało do niej Łupowskie przedmieście, znajdujące się za Dnieprem. 21 listopada 1865 r. władze rosyjskie zamknęły kościół. Zburzono wówczas wieże i przebudowano budynek na centralne archiwum sądowe, które funkcjonowało w nim od 1872 r. W 1897 r. w budynku kościoła umieszczono muzeum cerkiewno-archeologiczne, a w budynkach klasztoru Seminarium Prawosławne Patriarchatu Moskiewskiego. W czasach sowieckich w budynkach umieszczono urzędy państwowe.
Kościół ucierpiał podczas II wojny światowej, w lipcu 1941 r., a następnie został zburzony przez komunistów w 1956/1957 r. Do dzisiaj zachowały się fundamenty.
Odrodzenie parafii nastąpiło w 2002 r. dzięki staraniom proboszcza parafii katedralnej ks. Romana Foksińskiego. Pierwotnie parafianie spotykali się w kaplicy na cmentarzu katolickim w Mohylewie.