Na koniec września 1939 roku 42 batalion pionierów wchodził w skład XXI Korpusu 3 Armii – Grupa Armii Północ, którego dowódcą był Generalleutnant Nikolaus von Falkenhorst. W dniu 25 września 1939 roku następuje wycofanie się korpusu na wysokość linii demarkacyjnej między Niemcami a ZSRR. 16 października 1939 roku batalion zostaje przetransportowany na zachód i jego rola w kampanii wrześniowej dobiegła końca. 42 batalion pionierów brał również udział w kampanii francuskiej, w dniach 10 i 11 czerwca 1940 roku budował przeprawę mostową na rzece Osie w Compiègne. Następnie przeszedł w skład 94 Dywizji Piechoty. W 1941 roku 42 batalion pionierów brał udział w operacji „Barbarossa” związanej z atakiem na ZSRR, walczył w centralnej Rosji. Operował w miejscowościach Orel i Newel, następnie walczył pod Tarnopolem na Ukrainie. Pod koniec 1944 roku, batalion zmienił podporządkowanie i nosił nazwę 2 batalion pionierów 42 brygady pionierów (II Batalion Heeres Pionier Brigade 42) i brał udział w walkach o Śląsk. Następnie część batalionu została włączona do 9 Armii – Grupy Armii Środek.