Z powodu trudności lokalowych archiwum było tylko magazynem, dopiero w 1959 roku archiwum przeniesiono do pałacu w Starym Kisielinie, a w Sulechowie utworzono archiwum powiatowe. Powiatowe Archiwum Państwowe w Gorzowie Wielkopolskim przemianowano na oddział terenowy. W 1960 roku Powiatowe Archiwum Państwowe w Międzyrzeczu przeniesiono do Wilkowa koło Świebodzina, a w 1967 roku utworzono w Żarach filię archiwum w Szprotawie. Tak ustalona sieć archiwalna przetrwała do 1975 roku, gdy zostało okrojone na rzecz województw Gorzowskiego, Legnickiego i Leszczyńskiego. W 1975 roku przemianowano archiwa powiatowe na oddziały (Szprotawa z filią w Żarach) i ekspozytury (Sulechów i Wilkowo). Od 1979 roku archiwum posiadało zasięg tylko na terenie Województwa Zielonogórskiego, ponieważ Oddział Terenowy w Gorzowie Wielkopolskim z filią w Sulęcinie zostały podporządkowane WAP w Szczecinie.