W końcu 1950 r. w magazynach archiwalnych zgromadzono dokumentację władz i urzędów państwowych, akta miejskie, kościelne, a także różnych instytucji i stowarzyszeń. Część zasobu nie powróciła jednak do magazynów archiwalnych, została zniszczona lub zaginęła w nieznanych okolicznościach (np. Archiwum Miasta Szczecina), niektóre zaś historyczne dokumenty znalazły się w zbiorach Landesarchiv w Greifswaldzie. W 1950 roku archiwum przejęło pierwsze akta polskie.
Archiwum podlegało początkowo władzom miejskim, natomiast w 1946 r. zostało przejęte przez Wydział Archiwów Państwowych Ministerstwa Oświaty, a następnie Naczelną Dyrekcję Archiwów Państwowych (powołaną w 1951 r.). Od 1951 r. archiwum nosiło nazwę Wojewódzkie Archiwum Państwowe w Szczecinie. W 1952 r. na podstawie Zarządzenia nr 9 Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych z dnia 28 lipca 1952 r. powołano podległe WAP w Szczecinie Powiatowe Archiwum Państwowe w Stargardzie, a w 1954 r. Powiatowe Archiwum Państwowe w Gryficach. W latach 1954–1961 Szczecinowi podlegały także archiwa powiatowe w Słupsku (od 1957 r. jako oddział terenowy), Szczecinku i Białogardzie. W 1961 r. archiwa w Słupsku, Szczecinku i Białogardzie zostały podporządkowane Archiwum Państwowemu w Koszalinie. W 1979 r.