Gdy ta odmówiła, została aresztowana pod zarzutem bezprawnego wkroczenia na teren prywatny. W marcu 2012 została uznana za winną łobuzerki (mischief) i dwukrotnego naruszenia warunków okresu próbnego, otrzymując wyrok 92 dni pozbawienia wolności i 3 letni okres próbny. Jako że przed rozprawą spędziła w areszcie 88 dni, w sumie została by skazana na 6 miesięcy ( dni) pozbawienia wolnościUzasadnienie z 2019-09-27: R. v. Wagner, 2012 ONSC 5461 (CanLII) (1, 4-6, 8, 22, 26) . Po apelacji we wrześniu 2012, wyrok pozbawienia wolności zmniejszono do 88 dni (wliczając w ten okres areszt), z 3 letnim okresem próbnym. W międzyczasie naruszyła ten okres już w sierpniu, wkraczając na teren kolejnej kliniki aborcyjnej.
23 grudnia 2014 znów została aresztowana i osadzona w więzieniu dla kobiet w Milton koło Toronto, po tym jak weszła do placówki aborcyjnej Bloor West Village w Toronto i rozdawała białe i czerwone róże matkom oczekującym tam na aborcję. Została oskarżona o zakłócanie działalności gospodarczej. Podczas rozprawy w dniu 16 kwietnia 2015 Mary Wagner ponownie została skazana. W lipcu została zwolniona z aresztu.