Kościół św. Marii Magdaleny (, ) – rzymskokatolicki kościół w Valletcie na Malcie. Był częścią azylu sióstr magdalenek, przylegającego do kościoła. W połowie XX wieku został zdesakralizowany, ponownie poświęcony przez biskupa Charlesa Sciclunę 25 lutego 2015 roku.
Historia Kościół zbudowano około roku 1595, jako kościół sióstr magdalenek, których klasztor przylegał do niego. Kiedy większość klasztorów była raczej uboga, maltańskie magdalenki nie mogły się na to uskarżać. W roku 1602 Klemens VIII dał klasztorowi prawo do 1/5 rzeczy ruchomych oraz nieruchomości po zmarłych prostytutkach na Malcie. To zmieniło status majątkowy zakonu; wkrótce stał się najbogatszym klasztorem na Malcie. Praca sióstr magdalenek zakończyła się w roku 1798 wraz z przybyciem Francuzów, którzy zabrali wszystkie bogactwa i posiadłości zakonu. Siostry przeniosły się do klasztoru św. Katarzyny. Ostatnia magdalenka zmarła w roku 1846. Kościół służył później żołnierzom wyznania rzymskokatolickiego, stacjonującym w forcie St. Elmo, jak również rodzinom marynarzy z koszar Camerata po drugiej stronie ulicy. W roku 1941, w czasie II wojny światowej, klasztor został zburzony podczas bombardowania lotniczego. W jego miejscu zbudowana została szkoła podstawowa. Po tym kościół został opuszczony. Jego ołtarze przeniesiono do klasztoru św. Katarzyny.