Kościół św. Mikołaja (, ), znany również jako Kościół Dusz Wszystkich (, ) – prawosławny kościół w Valletcie na Malcie, dedykowany Świętemu Mikołajowi. Zbudowany pierwotnie jako grecki kościół prawosławny w roku 1569, w roku 1639 przekazany Bractwu Dusz Czyśćcowych, które przebudowało go w stylu barokowym w roku 1652. Przekazany z powrotem parafii prawosławnej w roku 2014.
Historia Kościół św. Mikołaja został oryginalnie zbudowany w roku 1569 jako kościół parafialny Greckiego Kościoła Prawosławnego rytu bizantyjskiego. Grecki Kościół Katolicki powstał po unii brzeskiej w latach 1595–1596. W roku 1639 proboszcz Papas Giovanni Metaxi zdecydował odłączyć się od kościoła prawosławnego i dołączyć do Greckiego Kościoła Katolickiego. Jednocześnie przekazał kościół Bractwu Dusz Czyśćcowych.
W roku 1652 budynek kościoła został całkowicie przebudowany według projektu architekta Francesco Buonamiciego. Relacje pomiędzy parafią a Bractwem zostały ustalone przez konkordat, podpisany 17 września 1766 roku.
thumb|left|XVIII-wieczny relief, znajdujący się na zewnątrz kościoła, dotyczący 40-dniowego odpustu
Budynek kościoła ucierpiał poważnie od bombardowań lotniczych podczas II wojny światowej.