Tabliczka VI rozpoczyna się powrotem Gilgamesza do Uruk. Isztar (akadyjskie imię Inanny), bogini miasta, proponuje mu małżeństwo, ale Gilgamesz – pomny losu jej poprzednich kochanków – odrzuca jej zaloty i z pomocą Enkidu zabija budzącego przerażenie Byka Niebiańskiego, którego mściwa bogini zesłała przeciwko niemu.

Na początku Tabliczki VII Enkidu opowiada sen, w którym bogowie Anu, Ea i Szamasz zdecydowali, że za zabicie Humbaby i Byka Niebiańskiego jeden z bohaterów musi umrzeć. Wyrok pada na Enkidu, który popada w chorobę i wkrótce umiera.

Opłakiwanie przez Gilgamesza zmarłego przyjaciela i szczegóły uroczystego pogrzebu są opowiedziane w Tabliczce VIII.

Następny epizod – na Tabliczkach IX–XI – prowadzi do opowieści o potopie. Gilgamesz, przygnębiony śmiercią Enkidu, udaje się w daleką i związaną z wieloma niebezpieczeństwami podróż do ocalonego z potopu Ut-napisztima, aby poznać od niego tajemnicę nieśmiertelności. Gdy w końcu tam przybywa, Ut-napisztim opowiada mu historię swojego ocalenia i uzyskania życia wiecznego. W odpowiedzi na błagania Gilgamesza o dar nieśmiertelności Ut-napisztim poddaje go próbie niespania, której ten niestety nie przechodzi.