W sezonie 1991/1992 osiągnęli najwyższe w historii klubu 5. miejsce na zapleczu ekstraklasy. Następnie przez 13 sezonów (do 2006) grali w III lidze piłkarskiej. W latach 2001–2004 występowali pod szyldem Chemik/Zawisza Bydgoszcz. Po rundzie jesiennej 2011 roku drużyna wycofała się z rozgrywek III ligi, spadając do klasy okręgowej. Poczynając od 2015 roku drużyna co roku awansowała do wyższej klasy. Od sezonu 2019/2020 klub bierze udział w rozgrywkach IV ligi.
Występy Chemika w lidze (od 1976) Sezon Liga Miejsce Mecze Bilansbramkowy Punkty Uwagi 1976/1977 III liga (grupa I) 3 26 42:19 36 1977/1978 III liga (grupa I) 3 26 44:24 36 1978/1979 III liga (grupa I) 26 56:12 41 awans do II ligi 1979/1980 II liga (grupa I) 13 30 27:33 26 debiut w II lidze, spadek do III ligi 1980/1981 III liga (grupa I) 13 26 14:23 13 spadek do IV ligi 1981/1982 IV liga 1982/1983 IV liga awans do III ligi 1983/1984 III liga (grupa II) 6 26 33:27 25 1984/1985 III liga (grupa II) 5 26 47:31 29 1985/1986 III liga (grupa II) 9 26 30:26 27 1986/1987 III liga (grupa II) 7 26 24:17 32 1987/1988 III liga (grupa II) 5 26 29:20 33 1988/1989 III liga (grupa II) 6 26 31:24 29 1989/1990 III liga (grupa I) 6 38 57:44 46 1990/1991 III liga (grupa VII) 30 73:15 47 awans do II ligi, pod szyldem Weltinex 1991/1992 II liga (grupa II) 5 34 49:37 40 najwyższe miejsce w