Tam jej obrazy cieszyły się widocznym powodzeniem, a ona sama została zapamiętana jako jedna z lombardzkich malarek kwiatów w szczytowym momencie swej epoki. Zmarła w Mediolanie 20 września 1710 roku.
Twórczość Do dziś zachowało się około 30 obrazów Margherity Caffi. Są to wyłącznie obrazy olejne, spośród których tylko nieliczne zostały sygnowane i datowane.
Styl Obrazy Margherity Caffi utrzymane są w tradycji obrazów jej ojca i jako takie różnią od martwych natur z motywem owoców, tworzonych przez współczesnych jej malarzy, stosujących głównie kompozycje asymetryczne. Caffi preferowała układ poziomy, a kompozycje kwiatowe dzieliła na dwie grupy, różniące się wielkością. Czerwone, niebieskie i białe kwiaty, wypełniające większą część obrazu, odcinały się od ciemnego tla. Caffi malując posługiwała się techniką laserunku, dzięki której mogła zmieniać tonacje niższych warstw obrazu. Podobną technikę stosowano w rzymskiej tradycji malowania martwych natur, której czołowym eksponentem był Mario Nuzzi.