Podczas II wojny światowej po aresztowaniu przez Niemców 17 czerwca 1940 osadzony w Rotundzie Zamojskiej, a następnie w obozach Oranienburg-Sachsenhausen (1940), Dachau (1941–1942) oraz przez dwa lata w Buchenwaldzie (1941–1942), gdzie zmarł 12 lutego 1942 i pochowany został w zbiorowej mogile.
Był żonaty, żona Janina z domu Frankowska, miał synów: Andrzeja (ur. 22 września 1917) i Stefana (ur. 4 czerwca 1922).
Dodatkowe informacje:
Symboliczny nagrobek znajduje się na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie, kwatera L, rząd 24, grób nr 19. W Rotundzie Zamojskiej umieszczona jest pamiątkowa tablica.
W literaturze: w książce napisanej przez Zygmunta Klukowskiego "Dziennik z lat okupacji" jest zamieszczona dwukrotnie informacja o Janie Kozłowskim: o aresztowaniu i druga o śmierci. Książka zawiera także opis katuszy, które przeżywali więźniowie po aresztowaniu w Rotundzie Zamojskiej
13 sierpnia 1939 roku w "Tygodniku społeczno - gospodarczym Prawda" wydawanym w Zamościu ukazał się artykuł z podziękowaniem dla Ubezpieczalni Społecznej w Zamościu za zorganizowanie kolonii dla dzieci najbiedniejszych oraz opis osobistej opieki nad kolonią sprawowaną przez dyrektora Jana