Komisariat Straży Celnej „Lipusz”, wraz ze swoimi placówkami granicznymi, wszedł w podporządkowanie Inspektoratu Straży Celnej „Koscierzyna”.
W drugiej połowie 1927 roku przystąpiono do gruntownej reorganizacji Straży Celnej. W praktyce skutkowało to rozwiązaniem tej formacji granicznej. Rozporządzeniem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Ignacego Mościckiego z 22 marca 1928 roku w jej miejsce powoływano z dniem 2 kwietnia 1928 roku Straż Graniczną. Rozkazem nr 2 z 19 kwietnia 1928 roku w sprawach organizacji Pomorskiego Inspektoratu Okręgowego dowódca Straży Granicznej gen. bryg. Stefan Pasławski powołał komisariat Straży Granicznej „Lipusz”, który przejął ochronę granicy od rozwiązywanego komisariatu Straży Celnej.
Służba graniczna Sąsiednie komisariaty komisariat Straży Celnej „Chośnica” ⇔ komisariat Straży Celnej „Przymuszewo” − 1926
Funkcjonariusze komisariatu Obsada personalna w 1926: kierownik komisariatu – komisarz Stanisław Roloff pomocnik kierownika komisariatu – starszy przodownik Wincenty Radziej (1973)