Po wkroczeniu Armii Czerwonej do Polski Pilarski zaangażował się w działalność podziemia antykomunistycznego. Był jednym z organizatorów Zrzeszenia Wolność i Niezawisłość na Zamojszczyźnie. Od połowy 1945 działał jako oficer wywiadu Obwodu Zamojskiego WiN pod pseudonimem „Jar”, zaś od 1946 pełnił funkcję komendanta tegoż Obwodu, a następnie Inspektora Inspektoratu Zamojskiego WiN. Sztab mieścił się w klasztorze w Radecznicy i nosił kryptonim „Zamek”. Na jego rozkaz 8 maja 1946 roku zostało rozbite więzienie zamojskie. Akcją dowodził porucznik Roman Szczur „Urszula”. Zostało uwolnionych 301 więźniów. Wskazuje się, że jesienią 1946 roku awansował do stopnia majora. Informacja ta nie została to jednak potwierdzona, bowiem jeszcze w czerwcu 1945 r. Marian Pilarski miał stopień chorążego. Nadto brak jakichkolwiek rozkazów o jego mianowaniu do stopnia. Zimą tegoż roku major Hieronim Dekutowski „Zapora” przekazał Marianowi Pilarskiemu oddział dowodzony przez Tadeusza Skraińskiego „Jadzinka”. W 1947 roku na wyraźny rozkaz swoich przełożonych ujawnił się w Zamościu. Zaraz wrócił do klasztoru w Radecznicy celem ukrycia archiwum AK-WiN. Nie zaprzestał jednak działalności konspiracyjnej. Rozpoczął tworzyć nowe struktury konspiracyjne.