Jesienią 1939 roku powrócił do Oświęcimia, gdzie podjął pracę jako sprzedawca w lokalnym sklepie. W 1941 roku został przymusowo zatrudniony przez Niemców w fabryce I.G. Farbenindustrie w Dworach, pracował także jako robotnik przy budowie szosy oraz pomocnik mierniczego. W 1943 roku został wysłany do Wiednia, gdzie jako pracownik przymusowy pracował w zakładzie preparatów przyrodniczych. Po zakończeniu wojny powrócił do rodzinnego Oświęcimia przez punkt przyjmowania repatriantów w Sanoku. Na podstawie spisanego w 1955 roku życiorysu wiadomo, że przez pewien czas prowadził kursy repolonizacyjne wśród autochtonicznej ludności Bytomia.

Sagan nie pozostał długo w Oświęcimiu. Jesienią 1945 roku wyjechał do swoich krewnych w Otmuchowie, gdzie pomagał im organizować gospodarstwo rolne, a w 1946 roku przeniósł się na Dolny Śląsk. W Kowarach założył firmę produkującą pomoce szkolne, jednak już rok później została ona zlikwidowana. Wówczas przeniósł się do Wałbrzycha, gdzie funkcję kierownika miejscowego muzeum pełnił jego przyrodni brat Marek. Zatrudnił on Eufrozyna w kierowanej przez siebie instytucji, powierzając mu stanowisko preparatora w dziale geologiczno-paleontologicznym.